神秘的EVA Zero飞行员Ayanami在与Ikeyamura达成协议时，抵达了NERV底层的中央教条红池。她的命运似乎要在这里结束了。在关键时刻，川上和美不仅要按照吉信吉的指示完成对“第二次大灾难”和“人类完成计划”真相的调查，还要保护东和秋原，以及防止SEELE与第一架和第二架飞机的身体接触。出于对池原都的仇恨，秋原接受了SEELE引爆MAGI的提议。她能成功吗？为防止人类“终极悲剧”而酝酿的“人类完成计划”，比如与SEELE合作了很长时间的池云田、冬月耕、池吉，能否实现？请在电影《新世纪福音战士》第二部中提供答案。
将船只驶向目的地本应是一次安全的航行，但等待他们的是一系列危机。从教师船的突然开火、与其他失控的学生船的战斗、遇险船的救援活动等等，他们历尽千辛万苦，克服了这些困难，最终安全返回陆地，在成员之间形成了牢固的纽带。在经历了一个月的动荡之后，正在享受考试假期的清风班成员遇到了新的危机——清风班将面临解体。在清风成员受到极大震动的同时，他们再次团结起来，最终阻止了阶级的解体，进一步加深了联系。之后，在清风危机爆发三个月后，横须贺举行了一场“比赛赛”，包括吴、五和和和佐世保在内的海洋学校的所有女学生聚集在一起举办文化和体育节。Ming Nai和清风班的其他成员也聚集在一起，为欢迎仪式做准备。来自大和号、信浓号、济一号等超大型船舶的班级也齐聚一堂，正当各种表演和比赛如火如荼地进行时，一场新的“危机”正在向他们逼近！
